Но всё-таки JIRA плохо подходит. Вот если бы версии были древовидными...
Это потому, что JIRA в первую очередь для общения с клиентами делалась, а уж внутренняя кухня разработчиков - как получилось. А клиентам разбираться с глубокими деревьями версий/проектов сложно, особенно если они багтрекер в первый и последний раз видят.