В анте используется "ихняя" реализация тест-раннера. Чтобы его поменять надо написать свой тест-раннер. Т.е. см. мой предыдущий ответ. В IDE, которое тоже реализовывает свой раннер, на самом деле перебираются все методы класса, но только все кроме выбранного не запускаются. Так 4й Junit устроен.Ну ещё можно с ant'ом побаловаться и реализовать такую возможность:)
На самом деле в Junit-e есть возможность запускать тесты на основе селекции по аннотациям. Я не пробовал, но вроде бы для этого надо создавать отдельный тест-свит(могу наврать). Как я понял идею, например есть три теста, один с аннотацией @A, другой с @B, а третий с @A и @B. Создаем 2 тест-свита - первый для @А, второй для @B. Итого в первом наборе будут тесты 1 и 3, во втором 2 и 3.