1. Redmine + Сисадмин с руками под Ruby, бесплатно у себя либо платно на мощностях самого Redmine с хотелками.
2. Trac + Сисадмин с руками под Python.
3. hockeyApp, мобильный клиент ничего не скажу в этих системах
Из минусов могу отметить, что не заметил в стандартной упаковке нормальный документооборот. Документы, файлы можно добавлять, но совсем минимум из функционала.