У нас используется есть своя разработка , интегрированная с svn, движок Redmine. Достаточно удобно переделали - тут же и баги заводим, и время, затраченное за исправление, учитывается, и вообще весь процесс можно разбить на задачи/подзадачи - любые капризы, по моему, ребята реализовывают. Гибкая система отчетов, можно настроить необходимые запросы, учитывать активность, оперативный план, посылать сообщения заинтересованным лицам и т.д. Минус системы - необходим человек, которые все это будет реализовывать. Но если отдел большой, то этот минус не столь существенен. Главное - удобство.
Высшее образование разным бывает. У меня, например, кафедра была неразрушающих методов контроля качества и диагностики. Я - дефекстоскопист, промышленный тестировщик. 6 лет вникала в основы обеспечения качества различными методами. В итоге сейчас работаю тестировщиком ПО - и основы, полученные в университете на самом деле помогают. Не в прямом смысле этого слова, понятно что я ультразвуком ПО не проверю. Но идеи самого процесса контроля качества - едины. Но я уверенна, что будь у меня другое профильное образование - то я бы не менее успешно справлялась со своей работой. И не думаю что она приносила бы мне меньше удовольствия.