На что смотрю я:

• Интеграция с уже используемыми или планируемыми системами;
• Настраиваемость;
• Модуль отчетности;
• наличие API.

Но вообще имхо удобнее использовать ALM-систему, меньше возни с пониманием того, что происходит в проекте, что на что влияет и т.д.