В jmeter.properties можете сконфигурировать как угодно. Смотрите jmeter.save.saveservice опции. Например jmeter.save.saveservice.response_data.on_error будет сохранять в лог ответы при ошибках.
Решение с межтредовым взаимодействием мне видится правильным. Не понимаю только в чем у вас проблема. Что в очередь накидаете после запросов первого типа, то потом все и извлечете. Ничего не должно теряться.