Значит попробуйте кликнуть на нем чем-то отличным от Селениума.
Вот тут лучше добавить деталей. То есть конфирмейшен визуально отображается?
не работает
выполнил $this->chooseOkOnNextConfirmation() и остановлился при этом конфирмейшн не закрылся
Если да, то Селениум его не видит (скорее всего он появляется в результате обработки одного из событий либо до загрузки страницы либо перед переходом на другую страницу).
В этом случае методы для работы с конфирмейшеном не помогут. Тут нужно воспользоваться какими-то другими средствами для взаимодействия с ГУИ.
да он отображается визуально, чуть выше добавил видео, как он отображается
В ряде языков программирования есть возможность посылать команды "в эфир". В той же Java усть, например класс java.awt.Robot. На перле или на руби можно найти библиотеки, работающие с Win32 API, которое можно использовать для имитации ввода с клавиатуры. Это один из вариантов (который, допустим, для того же РНР врядли подойдет).можно по подробнее какие есть средства для взаимодействия с ГУИ?
Второй вариант - воспользоваться сопутствующей автокликалкой (Autoit, например), которая бы постоянно проверяла на существование определенных окон и если они появляются, то выполнить какие-то действия для его закрытия.