У меня проблема была - писал скрипт к приложению, который должен был вызывать команды меню. Само меню появлялось и команды первый раз прощелкивались, но второй раз ни в какую - потом выяснилось, что меню было дочерним от другого невидимого окна, которое меняло каждый раз название класса (WndClass) при появлении т.е динамически - это в MFC приложении. Пришлось использовать командную строку самого приложения - благо присутствовала.
Здесь описал проблему, но решения нет пока:
http://software-test...um/topic/19548/
Может быть похожее и у Вас...