Хорошо, зайдем с другой стороны. Функционал "создать учреждение" частично работает - учреждение создается, но в него невозможно добавить здания. Причем если создавать учреждение через api, или лить напрямую или через хранимки в базу - функционал "создать здания в учреждении" работает. Т.е. тесты проходят, но совокупный функционал приложения не работает.
если говорить о конях в вакууме, то "создать учреждение" может быть крайне редко используемым функционалом и его работа, конечно, важна, но если внезапно поломается, то не так страшно, как "здания в учреждении", которые заводятся, например, каждый день.
Мне кажется, это (то, как организовывать тесты) уже вопрос идеологический и к селениуму уж точно никакого отношения не имеет.