Thread.sleep() -по сути таймаут и выполнится независимо от того появилось окно с "да" "нет". нужно для того, что бы дать возможность этому окну появится, а потом уже selenium.keyPressNative(Integer.toString(KeyEvent.VK_ENTER)) нативно жмёт на Enter(если конечно нужен Enter). только надо убедиться что фокус находится на нужной кнопке
Объясню ситуацию немного подругому, если запустить в дебаггере и поставить breakpoint на команде Thread.sleep(100), которая идет после clcik() то в ДЕБАГГЕ остановится на breakpoint только после того как я нажму мышкой (вручную, принудительно) на да или нет на форме. А пока я мышкой ничего не нажму то Thread.sleep(100) не выполняется, до нее просто не доходит выпонение, пока вручную не закроется диалоговое окошко