Думаю, что автор немного некорректно описал тему вопроса. то что его интересует - это не системное сообщение, а банальный Alert.
Вот лично у меня вопрос, который заинтересует многих: может ли Selenium обрабатывать именно системные сообщения/диалоги и т.д. Например: FileDialg, авторизационный диалог и т.д.
Походу, это врядли. По ряду причин. Во-первых, системные диалоги различаются для разных браузеров, причем различия порой достаточно существенные. Во-вторых, селениум работает по принципу посылки JavaScript инструкций объекту документа, а такие диалоги находятся за пределами досягаемости, с ними надо работать на уровне операционной системы. Соответственно, надо извращаться,чтобы обойти появление данных диалогов. В частности, для ввода пути к файлу загружаться в chrome-режиме (тогда селениум сможет редактировать данное поле), а диалог авторизации зачастую можно обойти с помощью определенных параметров адресной строки.
Я знаю что это обсуждалось http://www.it4busine...php/t14595.html
Но вдруг кто-то нашел решение.
Из того, к чему пришли в данной ветке, в основном все корректировки упираются в настройки браузера или же в специфику селениума. Подобные вещи лучше обходить.