Использую open-source решения:

1. Контроль версий - svn. Удобство, понятный интерфейс, распостраненность
2. Tasktracker - NetOffice. Web-based система контроля производственного процесса, удобна, бесплатна
3. Bagtracker - Mantis. Ничем не хуже и не лучше других багтракеров.