Одно другому не мешает :)
У Jenkins "атомарным" является job, его можно запустить целиком, нельзя в интерактивном режиме выбрать тесты, которые хочется запустить. Нужно несколько разных наборов -- делаем несколько job'ов. Зато он автономный, запускает по расписанию или по событию.
VisualPHPUnit -- это веб-интерфейс к тестовому набору (разработанному с использованием PHPUnit), размещенному на сервере. Он позволяет в интерактивном режиме выбирать тесты и запускать их.
Разные цели -- разные инструменты.
