Есть несколько способов сохранить загружаемый файл:
1) Использовать, как посоветовали выше, какой-нибудь инструмент, который сможет обработать "нативное" окно
(но если надо делать в разных браузерах -- будут сложности, окно у всех выглядит по разному)
2) Установить настройки браузера так, чтобы файлы автоматически загружались и диалог сохранения вообще не появлялся
(тоже не кросс-браузерное решение, хорошо работает только в Firefox, но если интересно -- спрашивайте, расскажу подробнее)
3) Загружать файл в обход браузера, при помощи "упрощённого" HTTP-клиента, при этом в него нужно будет перенести из браузера cookies, чтобы загружать файл в рамках той же самой сессии, которая открыта в браузере, более подробно это описано, например, вот в этой статье: http://ardesco.lazer...y-you-shouldnt/
4) Загружать файл при помощи прокси
Вот тут описано, как это делать при помощи BrowserMob Proxy:
http://software-test...browsermobproxy