Jmeter не работает с элементами на странице, он просто отправляет запрос и получает ответ. То, что у Вас в ответе (в html) есть два dropdown - ему всё равно.
Вывод - нужны кастомные обработчики. Найти и распарсить первый dropdown, второй. А потом полученные данные вставить в следующий запрос
Имеется в виду jmeter plugins? Или что-то другое?