На что смотрю я:
- Интеграция с уже используемыми или планируемыми системами;
- Настраиваемость;
- Модуль отчетности;
- наличие API.
Но вообще имхо удобнее использовать ALM-систему, меньше возни с пониманием того, что происходит в проекте, что на что влияет и т.д.