Коллеги, проблема решена!
В кроне правильно писать так:
*/1 * * * * cd /home/sergey/Рабочий\ стол/apache-jmeter-5.0/bin && ./jmeter -n -t /home/sergey/arom/AROM_cases/Order_to_shop1004_authorization_preprod1_new.jmx > /home/sergey/file_test.log 2>&1
Первое - это надо было обязательно перейти в папку с Jmeter, а уже оттуда его запускать.
Второе - в конце строки прописать перенаправление (если я правильно понял) 2>&1
>file - это stdout в file
2>&1 - это stderr в stdout
в итоге весь аутпут в файл.