Если вам станет легче, то пусть будет "джава-скрипт", хотя это гораздо менее распространенная форма.
"Джава" - это единственная правильная форма транскрибирования "JAVA", но согласен с комментарием выше, что в письменной форме режут глаз оба варианта и лучше писать по-английски.
А по поводу окна - "всплывающее окно" мне приятнее, хоть и больше букв :)
Оно несомненно может быть кому-то лично приятнее, но от этого не станет более удобным. У нас есть один менеджер, далёкий от технических терминов, так он в ТЗ называет попапы "всплывашками", зато без улыбки его ТЗ не прочитаешь:)
В слове "попап" всего 5 букв, термин точный и не содержит никакой двусмысленности, поэтому я выступаю за его использование. При этом я скорее против использования слов типа "откастомайзить", "засаппортить", "засетапить" и проч., у которых есть простые удобные синонимы в русском языке.