traceroute в Windows использует ICMP пакеты, а в Линуксе, по-умолчанию, UDP. Как-то встретился такой баг: трейсы из-под линукса не проходили роутер. Из под винды - проходили. Баг реально был в софте роутера (уже не помню, что именно ;) да и неважно).
Непонятно только для каких целей использовать traceroute в Linux, когда есть mtr (вот он как раз по умолчанию использует ICMP по умолчанию). Вот с mtr есть баг, который встречается в нескольких версиях. Заключается он в том, что первый пакет на последнем хопе всегда считался потеряным. Неприятная штука.
Не совсем баг, но скорее особенность, про которую многие забывают: в веб-приложении в Linux шрифты могут отображаться немного иначе если в системе установлен Wine. Из-за чего возникали довольно разнообразные баги верстки.