В ФФ нативные отключаются так:
firefoxProfile.setEnableNativeEvents(false); // или firefoxCapabilities.setCapability("nativeEvents", false);
В Хроме их нет. А в ИЕ они есть, и включены по умолчанию.
Поэтому, я немного не понимаю, почему оно у вас так по разному работает везде, т.к. вы сами написали что в ИЕ всё работает корректно.