Решили проблему, пришлось посмотреть код selenium server
А именно, как он вычисляет диапазон портов.
В linux он смотрит в файл /proc/sys/net/ipv4/ip_local_port_range
У нас там был диапазон 1024 65535, а как мы поняли, selenium берет все вне этого диапазона, поэтому у нас был один порт - 1024.
Поправили настройки на 5000 65535, теперь запускается на портах с 1024 - 5000.